これは、MS-IME2003という製品の不具合です。

MS-IME2003は仕様上登録できる文字の長さ（文字数）は60文字ですが、60バイトで制限されるという不具合です。

Microsoft社の情報はこちら
文書番号:902202（登録できない問題）
文書番号:418416（辞書の仕様）

簡単に説明すると、「ミトン+1」は5文字。バイトという単位で表すと8バイトです。 全角文字は2バイトなんです。なので、60文字には収まっていても全角文字が混ざっていると60バイトを超えてしまいエラーになるのです。

これは、2003だけの不具合でMS-IMEの他のバージョンやATOKでは発生しません。 2003から2002に乗り換えることは難しいと思いますが、ATOK製品もおすすめです。是非製品の情報をご覧になってみてください。
⇒　ATOK2006を見てみる。